Tretten år gamle Stuart er genial, men sosial analfabet. Fjorten år gamle Ashley er superpopulær, men ikke så skolesmart. Når Stewart og faren hans flytter sammen med Ashley og moren hennes, er de plutselig i samme familie. Stewart prøver å være 89,9 prosent lykkelig over forandringen, mens Ashley er 110 prosent forbanna. De er totale motsetninger, men har én ting felles: De er - som alle andre - laget av molekyler. "Vi er molekyler" er morsom, sjarmerende, rørende og underholdende lesning. Vi får både Stuart og Ashleys syn på tilværelsen i en historie om familietragedie og familiebånd, søskensjalusi og -fellesskap samt tenåringsproblemer og nye erfaringer.