Skyenes hemmelighet er en kjærlighetserklæring til alle lærere som har utgjort en forskjell. Katja er en lovende ballerina og Sasja en vellykket student, de er unge og forelsket når en tragedie rammer hjembyen Kiev i Ukraina. Noen år senere, etter at paret har emigrert til USA, viser konsekvensene seg av det som hendte. Sønnen Jurij blir født med en hjertefeil som gjør at han må isoleres og ikke kan gå på skolen sammen med andre barn. Maggie, en ambisiøs og dedikert lærer går med på å undervise Jurij hjemme, selv om det vekker til live vonde minner fra hennes egen barndom. Det utvikler seg et spesielt forhold mellom dem, og Jurijs store nysgjerrighet og spesielle evner inspirerer Maggie til å ta avgjørende valg i sitt eget liv. Men hun innser ikke hvor sterk Jurij har gjort henne før hun trenger styrken aller mest ... En roman om hva det vil si å leve fullt og helt.