Det som hviler på bunnen En ensom havnekaptein ser ut over havet. Cruiseskipet M/S Vegas lanterner dukker ikke opp i den nattsvarte horisonten som de pleier. Noe har skjedd. En hendelse som kriminalteknikeren Ulf Holtz blir involvert i, og som vil sette ham på prøve, både profesjonelt og privat. Hans kollega Pia Levin sliter med sine egne demoner mens hun undersøker en familietragedie som ingen synes å bry seg om. En hel familie er funnet død, og det er mistanke om at det gjelder et utvidet selvmord. Men det er noe galt. Levin begynner å etterforske saken på egen hånd, trass i motstand fra politiledelsen.