Armageddon-algoritmen tar utgangspunkt i debatten om hvorvidt klimakrisen er reell eller ikke. Klimaforsker og matematiker Leif Linge har utviklet en revolusjonerende algoritme som beviser at global oppvarming skjer i bølger opp gjennom historien. Ofte forbundet med dramatiske begivenheter. I dag ser vi en ny slik bølge, sier han. Heller ikke den er menneskeskapt. Dette passer perfekt inn i Pastor Lunds religiøse manifest: Å bevise at endetiden er nær, og at vi alle må omvendes snarest, før det er for sent. For å understreke forkynnelsen, formidler han dystre budskap fra ingen ringere enn profeten Esekiel, som ser ut til å gjeste jorden - nærmere bestemt Drammen - ved flere anledninger. Gjentatte observasjoner av en overnaturlig skikkelse gjør folk urolige og forvirrede. Mens den ene "klima-alarmisten" etter den andre forsvinner, alltid i tilknytning til observasjon av den overnaturlige skikkelsen, lurer Leif Linge på to ting: - Hvordan kan det ha seg at den psykisk forstyrrede broren hans alltid befinner seg i nærheten når noen forsvinner, og skal han informere politiet om dette? - Hvordan skal han forholde seg til pastor Lunds ønske om et samarbeid for å bevise at endetiden er nær, og samtidig utvikle det gryende forholdet til datteren hans, Carina?