Bienes hemmelige liv finner sted i Sør-Carolina i 1964. Vi møter Lily Owens som har fått hele livet sitt preget av vage minner om den ettermiddagen da mamma døde. Når Lilys liksommamma, den afrikansk-amerikanske stuepiken Rosaleen, brutalt blir slått ned og arrestert etter at hun har fornærmet tre usympatiske rasister, bestemmer hun seg for å søke lykken på landeveien. Sammen med Rosaleen flykter hun til Tiburon, også en liten by i Sør-Carolina. Her hviler hemmeligheten om Lilys mor. De blir tatt vare på av en trio med birøktere "tre afrikansk-amerikanske søstre", og så introduseres Lily for bienes suggerende verden som består av bier, honning og den sorte madonna. Med sitt budskap om guddomelig kjærlighet og kjærlighetens forvandlende krefter, blir denne boken en debut som regelrett besetter leseren og som rekrutterer nye lesere i et forrykende tempo.