Siste stopp Bagdad handler om amerikanernes forsøk på å omskape Irak i sitt eget bilde. Sigurd Falkenberg Mikkelsen tar oss med til krigens frontlinjer og i en særpreget litterær reportasje tegner han et tankevekkende bilde av vår tids viktigste konflikt. Forfatteren leter etter den sjiamuslimske lederen Moqtada al-Sadr for å forstå konflikten fra irakernes synsvinkel. En samtale med en tidligere fange i Abu Ghraib-fengslet blir en sterk beretning om en irakisk mann fratatt sin stolthet og verdighet. Mikkelsen møter også en gruppe amerikanske soldater som jakter på en fiende de aldri får øye på, og til slutt må en av dem bøte med livet. Siste stopp Bagdad setter Irak-krigen inn i et større historisk og politisk perspektiv.